Chcąc osiągnąć dobre plony koniecznie trzeba zadbać o dobrą zasobność gleby w składniki pokarmowe. Ponieważ stosowanie nawozów mineralnych w rolnictwie ekologicznym jest niedozwolone, należy zwrócić uwagę na nawozy naturalne.

Obok powszechnie stosowanego kompostu bądź obornika ciekawym rozwiązaniem jest wykorzystanie mułu ze zbiorników wodnych, stosowane jako nawóz już w starożytnym Egipcie. Muł jest bogatym źródłem potasu i fosforu, zawiera ich większą ilość niż obornik czy kompost.

Praktyczne zastosowanie mułu jako nawozu zostało potwierdzone naukowo - podczas badań do pracy inżynierskiej student SGGW Adam Śliwiński porównał zastosowanie mułu jako nawozu w uprawie kukurydzy. Został on wprowadzony do gleby dwiema metodami – przyorano na głębokość 25 cm oraz zastosowano agregat uprawowy złożony z kultywatora i wału strunowego. Wyniki okazały się obiecujące – na poletku o powierzchni 4 m2 dawka 4,5 kg mułu/m2 gdzie zastosowano agregat uzyskano średnio 8 kg/m2 w porównaniu do 7,5 kg m2 na nienawożonym mułem poletku uprawianym tą samą metodą. Ponadto piaszczysta gleba, na której zastosowano muł, po zbiorze kukurydzy scharakteryzowała się większą zwięzłością.

Biorąc pod uwagę wysokie potrzeby pokarmowe kukurydzy w porównaniu do innych roślin, należy się spodziewać większych przyrostów plonowania.

Według badań, z ekonomicznego punktu widzenia większe znaczenie ma wzrost wskaźników rozrodu niż wyższe dzienne przyrosty masy ciała. Dlatego też dąży się do poprawy płodności i użytkowości rozpłodowej, gdyż to właśnie one mają największy wpływ na opłacalność hodowli owczej. Na te parametry bezpośredni lub pośredni wpływ mają odpowiednia dieta, system utrzymania, wiek i rasa owiec. Przeprowadzono badanie, określające wpływ chowu ekologicznego i konwencjonalnego na podstawowe parametry rozrodcze zwierząt.

Pierwszym miernikiem kondycji owiec był stan ich odżywienia. Wszystkie maciorki uzyskały dobre wyniki, jednak nieco mniej korzystny w tym aspekcie okazał się chów konwencjonalny – pojawiła się tendencja do nadmiernego otłuszczenia.

W przypadku płodności i plenności także okazała się korzystniejsza hodowla ekologiczna – również jeśli chodzi o odchów jagniąt, a wpływ na to ma utrzymanie dobrostanu zwierząt i odpowiednie żywienie. Ogólna użytkowość rozpłodowa w tym systemie osiągnęła wyniki dużo wyższe niż w systemie konwencjonalnym. W tym drugim przypadku okazała się niewystarczająca. Wielkość strat także okazała się mniejsza w chowie ekologicznym. Jest to szczególnie istotne w przypadku owiec rasy suffolk, u której nierzadko zdarzają się utrudnione porody i przy dalszych komplikacjach - śmierć jagniąt.

Typ hodowli ani rasa nie wpłynęły znacząco na zawartość poszczególnych związków chemicznych, witamin oraz zawartość immunoglobulin w mleku. W okresie ciąży, system utrzymania nie wywarł wpływu na stężenia progesteronu i estrogenu, były one typowe dla gatunku.

Wobec otrzymanych wyników można stwierdzić korelację między ekologicznym systemem chowu a pozytywnymi wskaźnikami rozrodu. Ponadto zaobserwowano wyższe przyrosty masy ciała jagniąt w porównaniu z jagniętami z chowu konwencjonalnego. Na parametry te nie wpłynęła rasa owiec, więc determinowały je jedynie warunki utrzymania. To oznacza znaczący wpływ systemu chowu na ostateczne wyniki i opłacalność produkcji rzeźnej.

Świnie oraz drób powinny mieć przewidziane w swojej diecie pasze białkowe wysokiej jakości z odpowiednim składem aminokwasowym. Do żywienia wykorzystuje się zwykle importowaną soję, która w największej części jest genetycznie modyfikowana. Nie wszyscy niestety wiedzą, że istnieje możliwość wykorzystania naszych rodzimych zamienników śruty sojowej – mączki z owadów, glonów czy koncentratu z lucerny, DDGS. Inną alternatywą jest stosowanie fermentacji i w ten sposób przystosowywanie pasz krajowych do potrzeb zwierzęcych. Te zabiegi są zdecydowanie trudniejsze niż po prostu wykorzystanie śruty sojowej pochodzącej z importu. Niemniej jednak, możliwe okazuje się wyeliminowanie jej na rzecz zbilansowanych, lokalnych pasz białkowych, nawet bez ograniczania produkcji.

Pierwszym zamiennikiem soi GMO mogą być nasiona roślin bobowatych, będące cennym źródłem dużych ilości białka. Najlepszymi właściwościami w diecie zwierząt odznaczają się łubin żółty, łubin wąskolistny, ciecierzyca, bobik oraz groch, który pozytywnie wpływa na jakość mięsa i tłuszczu świń. Trudność przysparza obecność substancji antyodżywczych, ograniczających wykorzystanie paszy przez zwierzęta.

Kolejną alternatywą mogą być nasiona roślin oleistych. Cechuje je bardzo dobry skład aminokwasowy i wysoka zawartość białka. Wśród nich najważniejsza jest poekstrakcyjna śruta rzepakowa, zawierająca jednak czynniki przeciwodżywcze - składniki włókna surowego - co blokuje jej bezpieczne, rozleglejsze zastosowanie w żywieniu zwierząt. Podobny problem dotyczy poekstracyjnej śruty słonecznikowej.

Innym produktem znajdującym zastosowanie jest suszony podestylacyjny wywar gorzelniany, DDGS. Zawiera wartościowe minerały i ma dobry skład aminokwasowy. Stosowany jest szczególnie wśród drobiu, gdyż nie wykazuje negatywnego wpływu na rozwój kurcząt. Ograniczeniem użycia mogą być zanieczyszczenia mikotoksynami, gdyż DDGS jest produktem ubocznym produkcji alkoholi i do jego wytwarzania używa się zbóż gorszej jakości.

Ciekawym rozwiązaniem może okazać się mączka z owadów. Ona także wykazuje się wysoką zawartością cennych aminokwasów i białka. Słabym punktem jest tutaj brak wymogów jakościowych i brak wyspecjalizowanych ferm, zdolnych zapewnić stałe dostawy produktu. Ponadto koszt pozyskiwania owadów jest wyższy niż uzyskanie białka z innych, bardziej standardowych źródeł.

Inną alternatywą są algi, a w szczególności spirulina – najpopularniejsza i najczęściej wykorzystywana w żywieniu. Ogromną jej zaletą jest duża zawartość białka, przy wysokiej jego biodostępności. Algi w diecie sprzyjają utrzymaniu mikroflory żołądka, zwiększają zawartość nienasyconych kwasów tłuszczowych i karotenoidów, zmniejszają poziom cholesterolu w jajach, a nawet hamują agresję. Minusem jest zmienna jakość produktu w ciągu roku i ograniczenia związane z pozyskiwaniem surowca, co wpływa bezpośrednio na jego cenę.

Do diety świń i drobiu można włączyć także mączki rybne. Wykazują się ponadprzeciętną strawnością, a także wysoką zawartością wapnia, magnezu i fosforu. Przy zbyt wysokim wykorzystaniu takich mączek może pojawić się zapach i posmak rybny w produkcie odzwierzęcym.

Kolejnym źródłem białka są drożdże pastewne, które odznaczają się obecnością witamin z grupy B oraz enzymów. Dobrze wpływają na bakterie w przewodzie pokarmowym, co oddziałuje pozytywnie na zdrowotność zwierząt. Potwierdzony został także ich znaczący wpływ na płodność. Minusami drożdży są uboga zawartość argininy i metioniny oraz występujące w dużej ilości kwasy nukleinowe.

Korzystnym dodatkiem do diety może być APC – koncentrat białkowy z lucerny, będący źródłem białka o korzystnym składzie aminokwasowym, a także kwasów tłuszczowych omega-3, witamin czy beta-karotenu. Stosowanie APC jest przyczyną poprawy produkcyjności i zdrowotności oraz ograniczenia ilości wydalanego azotu w porównaniu do zwierząt bez ww. koncentratu w diecie.