Sad ekologiczny Instytutu Ogrodnictwa (IO) w Skierniewicach jest chroniony zgodnie z przyjętą metodyką, preparatami z listy środków dostępnych do rolnictwa ekologicznego opublikowanej na stronie Instytutu Ochrony Roślin. Realizowane są cztery zadania: ocena występowania najważniejszych szkodników w sadzie, ocena uszkodzeń, ochrona pożytecznych roztoczy i owadów oraz zwalczanie wybranych szkodników. Przykładowo przeciwko roztoczom roślinożernym stosowany jest preparat Promanal 60 EC ewentualnie Treol 770 EC. Do zwalczania owocówki jabłkóweczki używa się już od kilku lat preparatu Madex SC, a do zwalczania owocówki śliwkóweczki i innych muchówek preparat Spintor 240 SC. Do zwalczania mszyc stosujemy mydła ogrodnicze, które występują w kilku różnych wariantach: z dodatkiem czosnku, skrzypu, wrotyczu. Stosowano również preparat Bioczos oraz suszony czosnek, który był zalewany wodą.